De Bujinkan maakt gebruik van zowel het Kyū/Dan-systeem als Menkyo-licenties. De rangen zijn verdeeld in 9 Kyū-graden en 15 Dan-niveaus, waarbij af en toe een Menkyo wordt toegekend in een individuele school of een specifieke discipline van een van de scholen.

Er is slechts één officieel examen in de Bujinkan, het Godan- of 5e Dan-examen, soms ook wel het Sakki-examen (Killer instinct) genoemd. Tijdens dit examen moet de Godan-kandidaat knielen in meditatie, terwijl de examinator (een Jūgodan, 15e Dan) zich voorbereidt om van achteren toe te slaan met een Fukuroshinai (een gespleten bamboe trainingszwaard met een dunne bekleding, meestal van leer). De kandidaat moet de "moordlust" van de examinator aanvoelen en wegrollen. Oorspronkelijk werd dit examen alleen afgenomen door Hatsumi Sensei. Vanaf begin jaren 2000 liet hij de Jūgodan het examen in zijn aanwezigheid afnemen. Sindsdien heeft hij de Jūgodan gemachtigd om het examen buiten Japan af te nemen, mits er minstens drie Jūgodan aanwezig zijn. Zodra de kandidaat het Godan-examen heeft gehaald, wordt hij of zij een Shidoshi (leraar van de krijgerskunsten), een volledig gecertificeerde leraar in Bujinkan Budō Taijutsu, en mag hij of zij zijn of haar leerlingen tot de rang van Yondan (4e Dan) bevorderen.

Voor de rang van Kyūdan (9e Dan) zijn aanbevelingen van drie Jūdan of hoger vereist om door te stromen naar Jūdan. Degenen die Jūdan of hoger zijn, worden Shihan (senior leraren) genoemd.

Begin jaren negentig was de hoogste rang binnen de Bujinkan Jūdan, 10e Dan. Toen begon Hatsumi Sensei een reeks Menkyo aan de Jūdans toe te kennen:

• Chi-i Happō Biken Menkyo – Aarde (1e) Niveau Achtweg Geheime Zwaardlicentie
• Sui-i Happō Biken Menkyo – Water (2e) Niveau Achtweg Geheime Zwaardlicentie
• Ka-i Happō Biken Menkyo – Vuur (3e) Niveau Achtweg Geheime Zwaardlicentie
• Fū-i Happō Biken Menkyo – Wind (4e) Niveau Achtweg Geheime Zwaardlicentie
• Kū-i Happō Biken Menkyo – Leegte (5e) Niveau Achtweg Geheime Zwaardlicentie

Vanwege enige aanvankelijke verwarring en omdat het veel gemakkelijker uit te spreken was, begonnen velen deze niveaus aan te duiden als 11e tot en met 15e Dan. Uiteindelijk maakte Hatsumi Sensei dit officieel en begon hij de 11e tot en met 15e Dan Menkyo uit te reiken in plaats van de Happō Biken Menkyo.

Hatsumi Sensei heeft gezegd dat Jūgodan "echte Shihan" zijn. De laatste jaren worden Jūgodan Menkyo toegekend voor Daishihan.

Er worden slechts drie bandkleuren gebruikt voor volwassenen in de Bujinkan: wit, groen en zwart. Sommige dōjō gebruiken ook bruin bij Nikyū (2e Kyū) en/of Ikkyū (1e Kyū). Veel dōjō voegen geel, bruin en soms blauw toe voor kinderen in de Kyū-graden. Vroeger droegen vrouwen rode banden in plaats van groene met paarse dōgi (uniformen). Hoewel sommige vrouwen deze traditie nog steeds volgen, gebruiken de meeste dōjō groene banden en zwarte dōgi voor zowel mannen als vrouwen.